Badania przeprowadzone przez Yamahę wykazały, że dla użytkowników szukających motocykla sportowo-turystycznego najważniejszy jest komfort i bezpieczeństwo, ale klienci wskazywali że nie mniej ważne są nowoczesne rozwiązania i technologie, dlatego Yamaha postanowiła sprostać wymaganiom rynku prezentując odświeżoną FJR1300 na 2016 rok.
Motocykl dostępny jest w wersji podstawowej FJR1300A oraz FJR1300ES z elektronicznym zawieszeniem. Wszystkie wersje napędzane są znanym i sprawdzonym silnikiem 1298cc, który zdobył opinie bardzo niezawodnego i bardzo solidnego. Yamaha wprowadziła w nim kilka istotnych zmian - najważniejszą jest długo oczekiwany szósty bieg, który pozwoli na zmniejszenie spalania przy przelotach autostradowych. Sama skrzynia jest też 400g lżejsza i ma zmienione przełożenia względem modelu z 5 biegami - pierwszy i drugi bieg został wydłużony, skróceniu uległy natomiast biegi 3, 4 oraz 5. Drugą istotną zmianą w silniku jest sprzęgło antyhoppingowe z funkcją assist, która sprawia że używanie go wymaga mniej siły oraz pozwala na płynniejszą redukcje biegów bez uślizgów tylnego koła.
Jak przystało na model z 2016 roku FJR1300A i ES wyposażone są w nowe LEDowe światła tylne oraz reflektory - model ES wyposażony jest dodatkowo w system świateł doświetlających zakręt, który współpracuje z jednostką inercyjną IMU, która monitoruje stopień przechylenia w zakręcie i kolejno zapala do trzech lamp LED.
Oba modele FJR1300A i ES wyposażone są także w zmienione panele instrumentów z centralnie umieszczonym wyświetlaczem LCD. Także kolorystyka panelu została zmieniona na kolor "gunmetal". Na pokładzie znajdziemy znane już użytkownikom poprzedniej generacji udogodienia takie jak mapy zapłonu D-Mode, kontrolę trakcji, system ABS, podgrzewane manetki, elektronicznie regulowane szyby, regulowane siedzenie oraz kierownice. Motocykle do salonów trafią na początku 2016 roku.